在生鮮電商占比越來越高的背景下，仍面對著諸多問題。就目前而言，生鮮物流中存在的配送超時、信息傳輸滯后、生鮮不“鮮”等較多現實問題，說明目前生鮮物流跟不上市場發展的需求，還處于粗放發展階段。
 

　　首先一大難題是因為生鮮食品的特殊性，層層遞進，毛利甚少。生鮮食品具有保鮮要求高，易腐敗等特性，這就對物流的時效性有嚴格的要求。同時作為食品，對安全溯源也有很高的要求，在一定程度上決定了生鮮物流在貨物流通環節要比一般物流成本更高。生鮮食品作為消費頻次高、產品價值低的商品，高居不下的物流成本必然會拉高商品價格，對于廣大消費者而言是難以承受的，這是當前生鮮物流及農批物流企業面臨的巨大挑戰。

　　其次是運送過程中的冷鏈配送。生鮮果蔬的特殊性就要求在配送過程中溫度的掌控。生鮮物流仍然沒有形成連貫的冷鏈物流，生鮮溯源技術和物流配送業務缺乏專業化運作，影響了運輸質量、準確性和及時性，這也成為了一大難題。
 

　　綜合而言，生鮮電商平臺主要面臨兩個方面的難題，一是多級批發商鏈條導致毛利低，無法形成規模效應;二是自建冷鏈倉成本高，用第三方冷鏈又難以保障食品安全。目前，我國尚未形成完整、獨立的冷鏈物流體系，大部分生鮮、乳品在運輸過程中并不能保證全程冷鏈。隨著市場需求的擴大，冷鏈物流越來越受到重視，行業得到規范，技術提升。未來冷鏈物流體系將更加健全完善，進一步應用到產品的運輸中，將來，冷鏈物流市場將有望出現新一輪升級機會。